Pográny legrégibb ismert orgonája hétregiszteres volt. 1767-ben említik először, de régebbi eredetű volt. Az akkori egyházlátogatási jegyzőkönyv tesz említést a helyi orgonistáról, a gútai származású 30 éves Török Ferencről is, akinek testvére, Miklós is gyakran segített neki. 1798-ban már egy másik orgonát említenek, mely ötregiszteres volt és Nagyszombatból helyezték ide. 1828-ban is ötregiszteres orgonáról szólnak a bejegyzések, de annak eredetét Kovácsfalvához kötik, tehát ez egy újabb lehetett. Orgonajavításokról 1797-ből tudunk, amikor a hangszer új tömlőkkel egészült ki, 1809-ben 12 forintot fizettek egy javításért. A máig is fennmaradt orgona 1837-38-ban került ide. Készítője Klöckner (Klökner, Klokner) Károly osztrák származású pozsonyi mester volt, az orgonát az esztergomi főkáptalan és nyitrai székeskáptalan 650 pengőforintos költségeiből építették. A mester (a források szerint „derék pozsonyi orgonaművész”) a munkát 1837. október 16-án kezdte és a következő évben be is fejezte. Először 1838. május 24-én, Áldozócsütörtökön szólalt meg. Az orgonakészítő feliratán ezt olvashatjuk: Carl Klökner, Orgelbauer in Pressburg 1838. Azonban ez az orgona is többször javításra szorult, 1867-ben 7 forintba, 1889-ben 5 és 10 forintba került rendbetétele. A 20. században is többször javították. Előbb 1923-ban Meyer József javította, majd nagyobb javítás 1984-ben volt. Az 1989-es forradalom után az egyháztanács úgy döntött, hogy az akkor már nem működő orgonát felújítják. Ekkor kisebb harmónium helyettesítette. A kilencvenes években a javítás közadakozásból megtörtént, a sípokat kitisztították, némelyet Andocs János helyi asztalosmester készítette el újra. Az orgona újfent használatba került, a kántor Pindes László lett. 2010 körül a templom festése alkalmából az orgona új, világosabb színeket kapott. Jelenlegi állapota újra megkívánja a teljes felújítást (nem működik összes regisztere), jelenleg a lengyel származású helyi Tomasz Strzębała játszik rajta.